Paralelamente a la inmensa tarea de regularización de la vida académica de la Facultad, que culminó en 1992, se fueron sentando las bases, en el marco del Plan de Desarrollo, para diseñar políticas, estrategias y acciones en el campo de la docencia, tanto de pregrado como de postgrado, en investigación, proyección social, extensión universitaria y producción de bienes y servicios.

Han sido objetivos y metas de los sucesivos gobiernos de la Facultad desde 1984 lograr el desarrollo integral de la Facultad en los distintos campos de su quehacer institucional. Algunos logros de este trabajo han sido el desarrollo de los programas de postgrado en diversas maestrías y doctorados, así como de las segundas especializaciones, a través de los programas de Residentado Médico. Se han realizado cinco seminarios curriculares con el propósito de evaluar el proceso de enseñanza-aprendizaje e introducir cambios que estén de acuerdo con la realidad social y sanitaria del país, así como con las modernas tendencias en la educación médica. En el campo de la investigación, las políticas de promoción y estímulo han estado orientadas a apoyar los Círculos de Calidad y la participación de los estudiantes en los Congresos estudiantiles a nivel nacional e internacional, así como el desarrollo de líneas de investigación en el caso de los docentes. En el área de la producción intelectual se ha promovido y estimulado la elaboración de libros por los profesores de Ciencias Básicas y Ciencias Clínicas, para su utilización por los estudiantes. En el campo de la proyección social, ha sido paradigmática la participación de estudiantes y profesores en las Brigadas Universitarias de Salud, a través de acciones de educación para la salud, en las comunidades más expuestas a la epidemia del cólera que asoló el país en 1991. Bajo esta misma orientación se ubica el trabajo de estudiantes y profesores a través de programas de medicina comunitaria en las comunidades con mayores necesidades de salud. La Facultad ha impulsado también la prestación de servicios y producción de bienes en sus diversas dependencias: laboratorio de análisis clínicos, centros médicos de atención especializada, museos y exposiciones dirigidos a escolares y público en general. En el campo de los recursos humanos se ha impulsado programas de capacitación para el personal docente y no docente, a través de cursos, seminarios, intercambios con otras universidades del país y del extranjero, y otros eventos que han permitido su actualización en educación médica y en diferentes especialidades de la medicina. Se han creado instancias administrativas de apoyo a la docencia: centro de publicaciones, centro de cómputo, bioterio. Se ha impulsado la formación integral de los estudiantes a través de programas de tipo cultural y social, así como la realización de actividades orientadas al bienestar de estudiantes, docentes y personal administrativo.

El permanente interés de la Facultad por revisar periódicamente el proceso de enseñanza-aprendizaje y adecuarlo a los avances de la medicina y la educación médica se ha traducido en la realización de cinco seminarios curriculares. El I Seminario de Educación Médica se llevó a cabo en 1966, con el objeto de introducir algunos cambios en el currículo que se venía aplicando desde su fundación. En 1970 se realizó el II Seminario de Educación Médica con el objeto de adecuar el programa de educación médica a las disposiciones de la nueva Ley Orgánica de la Universidad Peruana 17437. De abril a octubre de 1981 se llevó a cabo el III Seminario de evaluación y reestructuración curricular, con la participación activa y amplia de profesores y estudiantes, llegándose a elaborar un nuevo currículo que empezó a aplicarse a partir del año académico 1982. El IV Seminario Curricular “Rumbo al Siglo XXI” se realizó entre marzo de 1994 y enero de 1995, con el objeto de introducir aquellos cambios y modificaciones que, vislumbrando y proyectando el escenario en el que actuarían sus egresados en los primeros años del nuevo siglo, permitieran, a la vez, un mejor cumplimiento de los fines y objetivos de la Facultad. Finalmente, el V seminario Curricular “Hacia la transformación académica” se llevó a cabo entre noviembre del 2002 y abril del 2005 y cuyas conclusiones y propuestas se vienen aplicando en la actualidad.